Sieć Natura 2000 stworzono w celu zachowania szczególnie cennych i zagrożonych składników różnorodności biologicznej danego regionu biogeograficznego.
Obszary specjalnej ochrony (OSO) tworzy się dla ochrony populacji dziko występujących ptaków jednego lub wielu gatunków, na terenach gdzie ptaki mają korzystne warunki bytowania w ciągu całego życia, w dowolnym jego okresie albo stadium rozwoju.
Specjalne obszary ochrony (SOO) tworzy się w celu trwałej ochrony siedlisk przyrodniczych i populacji zagrożonych wyginięciem gatunków roślin i zwierząt, albo w celu odtworzenia właściwego stanu siedlisk lub stanu tych populacji.

Na gruntach zarządzanych przez Nadleśnictwo występują następujące obszary Natura 2000:
- SOO „Liwocz" – obszar ostoi obejmuje południowe zbocze góry Liwocz porośnięte lasem liściastym i mieszanym. Teren zbudowany jest głównie z piaskowców, łupków, zlepieńców i margli, na których wykształciły się gleby brunatne i brunatne kwaśne. Znajdują się tu dobrze wykształcone i zachowane płaty żyznej buczyny karpackiej Dentario glandulosae - Fagetum w formie podgórskiej i reglowej. Występują tu także chronione prawnie gatunki roślin naczyniowych oraz kumak górski Bombina variegata.
- SOO „Golesz" - obszar obejmuje głównie różne postaci grądów, a także żyznych i kwaśnych buczyn z licznymi gatunkami chronionymi. Wśród nich na podkreślenie zasługuje występowanie niewielkiej populacji buławnika mieczolistnego Cephalanthera longifolia, a także jednej z największych krajowych populacji obrazków alpejskich Arum alpinum. W florze tego terenu istotny udział mają gatunki wschodniokarpackie, m.in. cebulica dwulistna Scilla bifolia. Występuje tu kilka rzadkich gatunków chronionych grzybów: szyszkowiec łuskowaty Strobilomyces floccopus, sromotnik smrodliwy Phallus impudicus i mądziak psi Mutinus caninus. Najszerzej rozprzestrzenionym i najbardziej zróżnicowanym zbiorowiskiem leśnym jest charakterystyczny dla piętra pogórza grąd Tilio-Carpinetum. W części zachodniej znajdują się liczne wychodnie piaskowca ciężkowickiego oraz pozostałości umocnień obronnych średniowiecznego zamku Golesz w postaci wału, fosy, majdanu oraz resztek wieży i bramy wjazdowej.
- SOO „Ostoja Czarnorzecka" - Obszar ma znaczenie dla ochrony populacji nietoperzy: nocka orzęsionego Myotis emarginatus, nocka Bechsteina Myotis bechsteinii, nocka dużego Myotis myotis i mopka Barbastella barbastellus. Znajdują się tu zimowiska nietoperzy zlokalizowane w nieczynnych wyrobiskach pokopalnianych (sztolniach). Cztery zlokalizowane w Paśmie Suchej Góry, dwie natomiast położone na północnych stokach Królewskiej Góry. Kolonia rozrodcza nocka dużego mieści się również na strychu cerkwi w Rzepniku. Na terenie ostoi występuje jeszcze jedno rzadkie siedlisko naturowe - jaskinie nieudostępnione do zwiedzania. Zgrupowane są w obrębie rozległej wychodni piaskowców ciężkowickich ciągnącej się od ruin zamku Kamieniec po Sokoli Grzbiet. Największe skupienia znajdują się w rezerwacie "Prządki". Cenne siedliska przyrodnicze tego obszaru to również dobrze zachowane łęgi, reprezentowane głównie przez podgórski łęg jesionowy Carici remotae-Fraxinetum. W miejscach podmokłych, zabagnionych o utrudnionym odpływie wody wykształca się natomiast bagienna olszyna górska Caltho laetae-Alnetum. W granicach obszaru bytuje dość liczna populacja kumaka górskiego Bombina variegata i traszki karpackiej Triturus Montandowi.
- SOO „Łąki nad Młynówką" - Obszar o powierzchni około 51 ha, położony jest w powiecie jasielskim na terenie Pogórza Ciężkowickiego. Obejmuje dolinę potoku o nazwie Młynówka wraz z przylegającymi do niej terenami. Ochroną zostały objęte głównie świeże i podmokłe łąki i turzycowiska, tradycyjnie koszone i wypasane. Główną osią obszaru jest nieuregulowany, dziki potok, któremu towarzyszą zbiorowiska szuwarowe oraz trzęsawiska, wzdłuż którego porastają zarośla i lasy łęgowe, grądowe, wierzbowe oraz w znacznie mniejszym stopniu olszynka górska. Obszar nie jest objęty innymi formami ochrony przyrody. Zlokalizowane są tu cztery cenne przyrodniczo siedliska podlegające ochronie: zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion), ziołorośla górskie (Adenostylion alliariae), ziołorośla nadrzeczne (Convolvuletalia sepium), oraz niżowe i górskie świeże łąki  użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion).
- SOO „Bednarka" - kluczowe znaczenie dla obszaru mają dwa główne kompleksy leśne, zarządzane w większość przez Lasy Państwowe: Cieklinka w części wschodniej i północno-wschodniej oraz Rękaw w części północno-zachodniej. Łąki i pastwiska stanowią w Bednarce podstawę gospodarki rolnej, nastawionej na hodowlę zwierząt. Dlatego do specyficznych cech obszaru należą dobrze zachowane, rozległe łąki świeże oraz pastwiska, znajdujące się głównie w części południowej oraz środkowej. W części środkowo-północnej duże powierzchnie łąkowe są zajmowane spontaniczne i celowe przez zalesienia. Mają one korzystne znaczenie z punktu widzenia poprawy możliwości migracji zwierząt (w tym nietoperzy) ale jednocześnie zajmują część dotychczasowych, cennych siedlisk łąkowych.
- SOO „Wisłoka z dopływami" - obszar obejmuje rzekę Wisłokę na odcinku od północnej granicy Ostoi Magurskiej wraz z dopływami:
- Iwielką,
- Kamienicą
- Ropą
-Jasiołką
Wisłoka bierze początek na wysokości około 600 m n.p.m. na południowym stoku Dębnego Wierchu w Beskidzie Niskim. W górnym swoim biegu Wisłoka ma charakter górski, który cechuje duża zmienność przepływu. Jest ważną ostoją dla wielu cennych gatunków ryb, stwierdzono tu występowanie 30 gatunków tych zwierząt oraz jeden gatunek minogów. Obecność drzew oraz krzewów wzdłuż biegu rzeki i tym samym jej zacienienie stwarza dobre warunki do rozwoju fauny bezkręgowej. Najcenniejszymi zbiorowiskami roślinnymi wyróżnionymi w dolinach obszaru Wisłoka z dopływami są lasy i zarośla łęgowe. Ekosystemy te w wielu miejscach zachowane są w postaci zbliżonej do naturalnej lub nieznacznie przekształconej. Zastępczymi, półnaturalnymi zbiorowiskami, o wysokiej wartości przyrodniczej, są łąki rajgrasowe oraz podmokłe ze związku Calthion oraz Molinion. Na szczególną uwagę zasługują łąki trzęślicowe w rejonie Zawadki Osieckiej, występujące tam w kompleksie z łęgami wierzbowymi, olszynką górską i łęgiem jesionowym.
- SOO „Łąki nad Wojkówką” - obszar Natura 2000 o powierzchni 9,62 ha, z czego grunty Nadleśnictwa Kołaczyce stanowią  4,37 ha (leśnictwo Odrzykoń), złożony jest z trzech enklaw, położonych nad doliną Wisłoka, w okolicach miejscowości: Wojkówka, Rzepnik i Odrzykoń. Obszar chroni niewielkie, choć cenne fragmenty roślinności ciepłolubnej i kserotermicznej, rzadko reprezentowane na obszarze Dołów Jasielsko-Sanockich i Pogórza Dynowskiego. Obejmuje trzy kompleksy muraw kserotermicznych, wykształconych na wychodniach łupków bogatych w węglan wapnia. Zlokalizowane są przy wierzchowinach nad doliną Wisłoka - jedna w Wojkówce (369 m n.p.m.), druga poniżej Rzepnika (438 m n.p.m.), trzecia nad Odrzykoniem (386 m n.p.m.). Ekstensywnie użytkowane niżowe łąki świeże (Arrhenatherion) w Obszarze stanowią większą część jednego z kompleksów położonego w Rzepniku na stokach wzniesienia Kiczary (438 m n.p.m.).
- OSO „Beskid Niski" - obszar znajduje się w miejscu zwężenia i największego obniżenia łuku karpackiego. Wysokość wzniesień nie przekracza 1000 m n.p.m. Zachodnia część gór zbudowana jest z warstw jednostki magurskiej, gdzie w wielu miejscach na wierzchowinach wzniesień piaskowce tworzą skaliste formy. Wschodnią część budują stromo ustawione fałdy i łuski dukielskie. Na stromych zboczach i w głębokich lejach źródłowych występują liczne rozległe osuwiska (najbardziej znane w Lipowicy koło Dukli). W Beskidzie Niskim znajdują się obszary źródliskowe Białej, Ropy, Wisłoki, Wisłoka, Jasiołki, które prowadząc swe wody na północ płyną niekiedy obniżeniami równolegle do grzbietów lub przecinają je w poprzek głębokimi przełomami. Roślinność układa się w dwa piętra: piętro pogórza - zajęte głównie przez pola uprawne, łąki, a tylko na niewielkich powierzchniach przez lasy grądowe - i piętro regla dolnego porośnięte buczyną i nasadzeniami świerkowymi. Beskid Niski charakteryzuje się największą w Polsce, i prawdopodobnie w całej Unii Europejskiej, liczebnością orlika krzykliwego i puszczyka uralskiego. Jest to jedna z najważniejszych w Polsce ostoi orła przedniego, bociana czarnego, dzięciołów - zielonosiwego, białogrzbietego, białoszyjego, trójpalczastego oraz muchołówki małej. Stwierdzono tu również znaczną, jak na siedliska górskie, liczebność derkacza.